DNA合成仪就是用于和DNA或RNA结构类似的寡核苷酸合成的自动化仪器，通常用于固相合成法，每次在长的寡核苷酸链上接入一个核苷酸。加入每一个核苷酸均通过相同的化学反应和相应的嘌呤或嘧啶碱基衍生物作用。
以亚磷酰胺寡核苷酸合成为例，假如要使用DNA合成仪合成亚磷酰胺寡核苷酸，你就得按规范来：
1、首先对合成仪上所有试剂瓶中的试剂量认真检查。
2、然后在合成仪上装上标记好的干净的收集瓶。在合成仪中输入要合成的DNA序列。对选择的合成步骤进行检查。
3、选择结束方法：仪器的原始状态为TritylOffAuto，如果想要通过5，—DMT基团连接纯化寡核苷酸，那么将其转变为TritylOnAuto结束状态。选择结束方法通常是为系统的原始状态。
4、将你所希望的保存名字输入到每个柱监视器的Username下。每一个收集瓶相应的DNA序列标记用代码代替。将每一个柱设置的详细资料打印出来。对打印出来的资料进行检查，判断是否正确。
5、为了确保合成仪上合成柱处于正确的位置，运行StartColumn步骤对每一个柱的位置进行检查。
6、对是否充满连接在合成仪上的溶剂残留(废液瓶)进行检查。
7、保证试管充分清洁干净，保证DMT废液管路通向分部收集器。
8、将循环启动，运行开始程序对试剂管路进行清洗，将原来的试剂除去。
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